Pomares fue juzgado en 2017 junto a Carlos “El Indio” Castillo en el juicio que investigó los crímenes de lesa humanidad cometidos por el grupo paraestatal CNU en la capital bonaerense entre febrero y abril de 1976, causa en la que la Subsecretaría de Derechos Humanos es querellante.
Llegó al debate señalado como lugarteniente de Castillo y acusado por los homicidios de Antonio Domínguez, Néstor Hugo Dinotto, Graciela Herminia Martini y la “sustracción de una persona con el fin de obligarla a hacer, no hacer, o tolerar algo contra su voluntad” en perjuicio de Hugo Daniel Pastorini y Adelaida Úrsula Barón.
En la sentencia del 28 de noviembre de 2017 Castillo fue condenado pero Pomares fue absuelto por el Tribunal Oral en lo Criminal Federal N°1. Esa absolución fue apelada por la Subsecretaría de Derechos Humanos junto a otros querellantes, como Secretaría de DD.HH de la Nación, la Liga Argentina por los Derechos del Hombre, la Asociación de Ex Detenidos Desaparecidos y la Unión por los DD.HH de La Plata.
En mayo del año pasado, la Sala IV de la Cámara Federal de Casación Penal, integrada por los jueces Gustavo Hornos, Javier Carbajo y Mariano Hernán Borinsky, anuló el sobreseimiento y ordenó al tribunal rever el fallo. Este lunes 8 de junio de 2020 los jueces Pablo Vega, Germán Castelli y Alejandro Esmoris, del Tribunal Oral en lo Federal N°1 de La Plata ratificaron el sobreseimiento de Pomares.
La Subsecretaría de Derechos Humanos del Ministerio de Justicia y Derechos Humanos de la Provincia, querellante en la causa “Castillo, Carlos Ernesto y otro s/homicidio agravado p/el conc.de dos o más personas”, manifiesta su disidencia con la nueva resolución del Tribunal y recurrirá el decisorio.